(19)中华 人民共和国 国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202111415163.2 (22)申请日 2021.11.25 (71)申请人 四川大学华西医院 地址 610041 四川省成 都市武侯区国学巷 37号 (72)发明人 艾建忠　郑筱男　曹德宏　徐航　 易贤彦翎 　张天燚　李晋　 (74)专利代理 机构 成都科海专利事务有限责任 公司 51202 代理人 刘业芳 (51)Int.Cl. C12Q 1/6886(2018.01) A61K 39/00(2006.01) A61P 35/00(2006.01) A61P 13/12(2006.01)G16B 25/00(2019.01) G16B 20/50(2019.01) G16B 40/00(2019.01) (54)发明名称 一种与肾透明细胞癌预后显著相关的潜在 抗原、 免疫分型及其构建方法和应用 (57)摘要 本发明提供了一种与肾透明细胞癌预后显 著相关的潜在抗原、 免疫亚型及其构建方法及应 用， 潜在抗原包括以下抗原基因中的一种或几 种： ZAP70、 VMP1、 TUBB6、 TPX2、 TOP2A、 TMEM74B、 TMC8、 TGM2、 TGFA、 TEX11、 SPON2、 SNX33、 SERPINH1、 RUNX1、 RRM2、 RGCC、 PTTG1、 PTP4A3、 PPP1R18、 PLAUR、 PABPC1L、 NCF4、 MYBL2、 MUC3A、 MSC、 MGARP、 FOXM1、 FMNL1、 FBXL16、 EDN1、 DOK3、 COL5A3、 CDHR5、 C1QTNF6、 BMP1、 AXL和ADAMTSL4。 本发明通过探索新的肾透明细胞癌的肿瘤抗原， 以适用于KIRC的mRNA疫苗的研发； 另外， 本发明 还鉴定了KIRC的免疫分型， 以通过免疫分型用于 预测基于肾透明细胞癌预后显著相关的潜在抗 原所制备的肾透明细胞癌疫苗对肾透明细胞癌 患者的治疗效果， 对 开发KIRC的mRNA疫 苗和鉴定 适合mRNA疫苗接种的KIRC病人提供了新的思路。 权利要求书2页 说明书10页 附图15页 CN 114164269 A 2022.03.11 CN 114164269 A 1.一种与肾透明细胞癌预后显著相关的潜在抗原， 其特征在于， 所述潜在抗原包括以 下抗原基因中的一种或几种： ZAP70、 VMP1、 TUBB6、 TPX2、 TOP2A、 TMEM74B、 TMC8、 TGM2、 TGFA、 TEX11、 SPON2、 SNX33、 SERPINH1、 RUNX1、 RRM2、 RGCC、 PTTG1、 PTP4A3、 PPP1R18、 PLAUR、 PABPC1L、 NCF4、 MYBL2、 MUC3A、 MSC、 MGARP、 FOXM1、 FMNL1、 FBXL16、 EDN1、 DOK3、 COL5A3、 CDHR5、 C1QTNF6、 BMP1、 AXL和ADAMTSL 4。 2.根据权利要求1所述的与肾透 明细胞癌预后显著相关的潜在抗原， 其特征在于， 所述 潜在抗原包括以下抗原基因中的一种或几种： BMP1、 FOXM1、 M YBL2、 RRM2、 TPX2和T UBB6。 3.权利要求1或2所述的与肾透明细胞癌预后显著相关的潜在抗原在用于治疗和预防 肾透明细胞癌的产品中的应用。 4.根据权利要求3所述的应用， 其特 征在于， 所述产品包括肾透明细胞癌疫苗。 5.根据权利要求 4所述的应用， 其特 征在于， 所述疫苗 为mRNA疫苗。 6.一种与肾透明细胞癌预后相关的免疫分型的构建方法， 其特 征在于， 包括： 针对肾透明细胞癌症样本中1621个免疫相关基因的表达谱进行分析， 构建一致性聚 类； 根据其累积分布函数和增量区域图， 选择免疫相关基因稳定聚类的k＝2， 得到2个免疫 亚型， 为cluster1和cluster 2； 通过主成分分析对2个免疫亚型进行验证， 同时展示免疫基因在2个免疫亚型cluster 1 和cluster 2中的表达 。 7.根据权利要求6所述的构建方法， 其特征在于， 所述免疫基因包括以下预后相关的潜 在抗原基因： BMP1、 FOXM1、 M YBL2、 RRM2、 TPX2和T UBB6。 8.一种与肾透明细胞癌预后相关的免疫分型， 其特征在于， 所述免疫亚型是由权利要 求6或7所述的构建方法构建而成， 所述免疫亚型包括2 个免疫亚型cluster1和cluster2， 所 述免疫亚型能够用于预测基于权利要求1或2所述的与肾透明细胞癌预后相关的潜在抗原 所制备的肾透明细胞癌疫苗对肾透明细胞癌 患者的治疗效果。 9.一种利用权利要求8所述的免疫分型预测肾透明细胞癌疫苗对肾透明细胞癌患者的 治疗效果的方法， 其特征在于， 所述方法包括利用构建的肾透明细胞癌患者的预后评分模 型对患者样本进 行预后风险评 分， 并根据风险得分的中位数对免疫亚型进 行风险高低组划 分。 10.根据权利要求9所述的方法， 其特 征在于， 所述预后评分模型的构建过程包括： 方法一： 通过WGCNA对样本进行 聚类， 无标度网络软阈值为3， 然后将表达矩阵转换为邻接矩阵， 再转换为拓扑矩阵， 使用WGCNA  R包对默认参数获得免疫基因共表达模块； 对识别到的免疫基因共表达模块进行总体生存预后分析， 得到三个存在显著预后效能 的模块Blue、 Yel low和Green， 并分别对三个模块中的基因进行 KEGG功能富集分析； 选取Blue模块中的四个MM＞0.9的hub基 因RDX、 IREB2、 UBR1和PIK3CA进行多因素Cox回 归分析， 构建每个样本的风险得分模型RiskScore＝( ‑0.411.3*RDX)+(0.45*IREB2)+( ‑ 0.79*UBR 1)+(0.12*PIK3 CA)； 和/或 方法二：权　利　要　求　书 1/2 页 2 CN 114164269 A 2识别两个免疫亚型cluster1和cluster2中的差异表达基因107个； 并对差异表达基因 进行GO和KEGG功能富集分析； 对所有差异 表达基因进行 单因素Cox回归分析并筛 选了P＜0.01的基因31个； 对31个基因进行lasso回归分析得到7个高风险基因； 利用所得到的7个高风险基因构 建风险得分模型RiskScore＝(0.0065*CCL19)+(0.0616*CCL5)+(0.0050*IGLV9 ‑49)+ (0.0115*IGLV3‑27)+(0.0 385*IGLV3‑21)+(0.0 034*IGLC2)+(0.0 362*IGHG3)。权　利　要　求　书 2/2 页 3 CN 114164269 A 3